Introdução à Biologia Computacional
2010 / 1

PROJETO 1

ENTREGA: Sexta, dia 09/abril/2010

OBJETIVO PRIMORDIAL
Escrever em C, C++, JAVA, PYTHON, MATLAB, ou na sua linguagem favorita uma ferramenta para encontrar um alinhamento ótimo de duas cadeias de caracteres dadas, de acordo com os pesos estabelecidos para cada uma das operações de edição M (match), S (substituição), I (inserção) e R (remoção).

Os custos destas operações serão fornecidos como parâmetro de entrada, e o alinhamento pode ser global, semi-global ou local, sendo todos fornecidos como parâmetros de entrada.

Apresentar esta ferramenta em sala de aula, numa exposição curta e objetiva, que deve ressaltar os diferentes efeitos dos parâmetros.

PARÂMETROS DE ENTRADA

• Cadeia s
• Cadeia t
• Tipo de alinhamento desejado - Escolha entre Global, Semi-global e Local.
• Valores dos custos de cada uma das operações de edição M (match), S (substituição), I (inserção) e R (remoção).
• Prioridades entre as operações, quando houver múltiplas possibilidades com o mesmo custo.

Haverá um valor default para cada um dos parâmetros que não são as sequências.

• Tipo de alinhamento desejado = Global
• Valores dos custos das operações: M = +3, S = -1, I = -6, R = -6.
• Prioridades entre as operações: M > S > I > R.

SAÍDA
A saída deve conter um alinhamento que seja ótimo baseado no tipo e nos valores de custos definidos na entrada.

FORMATOS
É desejável que a entrada tenha um formato gráfico, com as escolhas possíveis apresentadas em forma de menus, ou com espaço para a entrada de valores numéricos.
Caso a entrada não seja em formato gráfico, ela deve ser bastante amigável, oferecendo a possibilidade de se digitar a tecla return para operar com os valores default dos parâmetros.

A saída apresentará duas linhas devidamente alinhadas:

• Uma contendo a primeira seqüência s contendo hífens nos pontos onde o alinhamento requeira uma inclusão em s, e
• Outra contendo a seqüência t contendo hífens nos pontos onde o alinhamento requeira uma remoção em s.

ENTREGA DO PROJETO
O projeto deverá ser apresentado EM SALA DE AULA no dia indicado. O aluno fará uma demonstração do seu produto, exibindo as suas versatilidades e as propriedades da saída observadas com a variação dos parâmetros de entrada.

Faz parte da avaliação do projeto do aluno identificar cadeias de DNA interessantes para ilustrar os diferentes efeitos obtidos com a variação dos parâmetros de entrada.

IMPORTANTE: A apresentação será feita em sala de aula, e deve durar cerca de 15 minutos. Portanto, traga as suas seqüências em arquivos texto, prontas para serem coladas quando do pedido de entrada. Não haverá tempo para você digitar seqüências.

A apresentação deve conter no mínimo oito pares de alinhamentos interessantes, no sentido de que os resultados são visivelmente diferentes em função da mudança de parâmetros, e deve cobrir as três modalidades de alinhamento pedidas.

CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO
O projeto será avaliado por vários critérios:

• Correção do código
• Modularidade e eficiência do código
• Clareza do código (comentários, identação, etc.)
• Qualidade da apresentação

[Última alteração em 20/03/2009 por katia.]

Página pessoal de Katia