*Constução da matriz de distância: - D = 1 - I; I obtido através do algoritmo Myers e Miller D para substiduições -> Gonnet250 *Construção da árvore usando o método NJ a partir da matriz *Obtenção da sequência de pesos *Alinhamento 2 a 2 seguindo 4 passos: - Escolha da matriz de substituição utilizando a média da identidade das sequencias; - Calcula o custo de abertura de gap entre cada par; - Calcula o custo de gap para posições específicas (3 passos) - Alinha as 2 seq a partir da matriz de substituição e dos custos de gap para posições específicas.