Descendência
No exemplo anterior absatraímo-nos do método de parada da estrutura, ou seja, como ela decide quando deve parar de se desenvolver, já que ainda haveria posibilidade de ela continuar a crescer, de acordo com a tabela de transições. A principal causa disso é que esse método ainda não é totalmente conhecido. Na verdade, essa é uma questão que ainda causa grande polêmica.
O que acontece é uma mudança abrupta no processo de descendência das células, ou seja, a célula-pai produz a célula-filho de acordo com uma regra (como vimos no exemplo anterior) por um grande período de tempo, mas de repente isso se altera, e a célula-filho produzida é totalmente diferente de todos os seus antepassados. A grande discussão nesse tópico é o que causa essa mudança no estado do genoma (que é a combinação de genes ativos da célula, ou seja, a sua tabela de transição). Há duas alternativas mais aceitas: a primeira diz que dentro da própria célula há genes que são responsáveis pela mudança neles próprios, como uma auto-transformação; já a segunda diz que a mudança no estado do genoma se dá por fatores externos, configuração de genes em células vizinhas que são transportadas até a célula em questão, por exemplo. A primeira alternativa é a mais aceita, embora não há provas concretas de que isso aconteça, já que é um processo bastante difícil se separar as células de suas vizinhas, e assim poder estudá-las em um ambiente neutro.
Outro problema é achar o gene de controle, ou seja, o gene que é responsável pela mudança no estado do genoma, e assim esta questão ainda está em aberto.
Mas a modelagem desses sistemas multicelulares através de sistemas computacionais tem ajudado em muito o estudo destas questões, uma vez que tarefas como comparação e estudo de linhagens complexas de células se tornam muito mais simples, mais ainda por termos à mão uma infinidade de teoremas poderosos para sistemas L e podermos aplicá-los a esses sistemas multicelulares.