IF803 - Introdução à
Biologia Molecular Computacional
IN1115 – Introdução à
Bio-informática e Biologia Computacional
Período 2009/1
Apresentação da Disciplina
O objetivo deste curso é apresentar a área de Biologia Molecular Computacional,
introduzindo conceitos essencias da Biologia para a compreensão da área de
aplicação, dos problemas práticos de Bio-Informática e Biologia Computacional
que envolve a manipulação e análise de dados biológicos e problemas da área,
juntamente com abordagens computacionais para a sua solução.
Esta é uma
disciplina eletiva que faz parte do perfil Bio-informática da graduação em
Ciência da Computação, e está sendo oferecida em conjunto com a disciplina
básica da pós-graduação em Ciência da Computação IN1115 (Introdução à
Bio-informática e Biologia Computacional).
Professor, Local e Hora
- Professora: Katia S. Guimarães
- Local: Sala A-006
- Hora: Quartas, 08:00-10:00hs, e
Sextas, 10:00-12:00hs.
Referências Bibliográficas
Esta disciplina não seguirá nenhum livro-texto em particular, mas estaremos
indicando regularmente trechos de livros-textos pertinentes ao material
coberto. Usaremos textos dos livros indicados a seguir:
- Handbook
of Computational Molecular Biology. Srinivas
Aluru - Chapman & Hall/CRC, 2006.
- An
Introduction to Bioinformatics Algorithms. Neil
C. Jones and Pavel Pevzner - The MIT Press, 2004.
- Computational
Molecular Biology - An
Algorithmic Approach. Pavel
Pevzner - The MIT Press, 2000.
- Bioinformatics:
A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Andreas Baxevanis & Francis Ouellette -
Wiley-Interscience, 1998.
- Introduction
to Computational Molecular Biology. João Carlos Setubal &
Joao Meidanis
- PSW Publ. Co., 1997.
Conteúdo Programático (Veja a programação de aulas)
- Visão geral da Biologia
Molecular Computacional
- História
- Ciências
envolvidas
- Estrutura e função do DNA, do
RNA e das proteínas
- Tipos
de Problemas Computacionais
- Métodos
da Biologia Computacional
- Alinhamento de Sequências e
Sequenciamento de DNA
- Replicação de DNA, Clonagem,
Construção de Bibliotecas
- Alinhamento
de duas sequências
- Alinhamento
de múltiplas sequências
- Repeats
e contigs
- Alguns programas de montagem
de DNA
- Classificação
de Sequências Biológicas
- Estrutura do DNA: Genes,
intron, exons, regiões reguladoras, sítios de ligação
- Anotação
de Sequências
- Estrutura e função do DNA,
do RNA e das proteínas
- Tradução, transcrição e o
código genético
- Estruturas de Dados
Biológicos e Busca em Cadeias
- Árvores de sufixos e arrays
de sufixos
- Busca de motifs em Cadeias
de DNA e de proteínas
- Introdução
à Biologia celular
- Sinalização
intra-celular
- Regulação gênica, complexos
e processos metabólicos
- Expressão
gênica
- Análise de Dados de
Micro-array e Redes de Genes
- Famílias de Proteínas e
Predição de Estruturas
- Protein
Data Bank (PDB)
- Níveis de representação de
proteínas
- Domínios conservados e famílias
de proteínas
- Predição de estruturas de
proteínas
- Bancos
de Dados Biológicos
- Sequências
de DNA
- Genomas
- Sequências
de proteínas
- Estruturas
de proteínas
- Caminhos
metabólicos
- Diversos
(SNPs, doenças)
- Interações entre Proteínas e
entre Domínios
- Predição de interação
proteína-proteína
- Predição de interação
domínio-domínio
- Redes
de regulação gênica
- Redes de interação de
proteínas
Pré-requisitos e Avaliação
- Esta disciplina não tem
nenhum pré-requisito formal, mas ela foi concebida como uma disciplina do
perfil Bio-informática da graduação em CC ou básica da pós-graduação em
CC, portanto pressupõe que o aluno tem conhecimentos em programação de
computadores.
- A avaliação será feita em
função das notas obtidas nos:
- Projetos
que serão desenvolvidos ao longo do curso. Os projetos serão simples, e
não vão requerer a construção de belas interfaces gráficas, a menos que o
próprio aluno assim o deseje.
- Testes curtos para verificar
o acompanhamento do material por parte do aluno.
- Seminários sobre temas
específicos.
Alunos de outros Centros cursando esta disciplina devem se
identificar com tal, de forma que um plano de avaliação apropriado possa ser
definido.