Consed
Home Introdução Phred Phrap Consed Links

 

Esta página contém maiores detalhes sobre o software Consed.

Objetivos

O principal objetivo do Consed é permitir a visualização do resultado produzido pelo Phrap. Porém, ela vai bem mais longe e permite também que os dados sejam editados.

Edição

Como mencionado, o Consed permite a edição visual dos dados. Tais como, inserção, remoção e alteração de (blocos de) bases.

Integração

O nível de integração com o phrap é muito forte. Permitindo que o Phrap, por exemplo, perceba as alterações realizadas em seu resultado através do Consed e automaticamente tome as mesmas decisões em futuras montagens realizadas no mesmo projeto.

Interface

A seguir é ilustrada a comunicação com o software Consed. Basicamente, ele recebe como entrada  arquivos no formato FASTA e algumas informações sobre os contigs.  Observe que os dados de entrada são aqueles produzidos pelo Phrap. Após a leitura do arquivo, o Consed mostra uma interface gráfica contendo os contigs e algumas informações relacionadas a eles. A figura seguinte ilustra essa troca de dados.