Introdução

O seqüênciamento de DNA possui várias etapas distintas (algumas vezes isoladas), mas com um único objetivo global. Gel Electrophroresis, Chromatograms, Base Calling, Sequence Assembly, etc. Como mostra a figura abaixo:

 

Problemas

No entanto, a realização isolada dessas atividades gera alguns problemas. Dentre eles, os mais relevantes são: (i) perda de informações; (ii) duplicação de trabalho, para compensar informações perdidas; (iii) queda de performance; (iv) incompatibilidade de dados; (v) lentidão no processo;

Desafios

Como mencionado acima, o isolamento de algumas atividades gera diversos problemas, porém, um desafio ainda maior é integrar a cadeia de processos necessária para o seqüenciamento de DNA. Pela ilustração abaixo, a pergunta básica seria, como integrar todos esses processos ?

Solução: Phred-Phrap-Consed

Coordenado pelo Dr. Phil Green, na Universidade de Washington, em Seattle desde 1993, este pacote de ferramentas atingiu um enorme sucesso mundial em projetos acadêmicos e comerciais (mais de 900 projetos e 36 países utilizam). 
O pacote abrange desde a análise em laboratório de um organismo até a montagem de seus fragmentos de DNA em computador. Ou seja, agora existe uma integração entre todas as atividades envolvidas no processo de seqüenciamento, como é mostrado abaixo. 

Phred-Phrap-Consed

Estas três ferramentas são destinadas a trabalhar em conjunto (mais precisamente como um pipeline) e explorar os benefícios dessa integração. Elas podem ser usadas isoladamente, mas os resultados são melhores quando usadas em conjunto. Pois, por exemplo, o Phred gera dados extras que podem ser utilizados pelo Phrap, como dados opcionais, para melhorar seu desempenho. O mesmo comportamento ocorre entre o Phrap e o Consed.

O fluxo de dados das três ferramentanas é mostrado na figura abaixo:

Execução Integrada

Como será mostrado nas páginas específicas para cada um dos três programas, eles são bastante parametrizáveis. Por exemplo, o Phred tem  50 parâmetros e o  Phrap tem 53 parâmetros com os quais o usuário pode operar. No entanto, se os programas forem utilizados em conjunto, apenas um comando, PhredPhrap, é necessário para executar os programas e poder visualizar o resultado no Consed.